После восстановления государственной независимости, несмотря на решения Верховного Совета Азербайджанской Республики о создании Министерства обороны 5 сентября 1991 года и о формировании Вооруженных сил 9 октября того же года, правительство республики не предприняло никаких попыток для осуществления этих решений. В защите земель оставалось уповать на разрозненные отряды добровольцев. В то же время действовали самовольные вооруженные формирования, преследующие только личные интересы. Всему этому был положен конец только после того, как общенациональный лидер Гейдар Алиев в 1993 году вернулся к власти. Как Главнокомандующий Вооруженными силами Азербайджана Гейдар Алиев начал процесс возрождения армии. Были отменены отряды самообороны и добровольческие батальоны, таким образом, он создал основы регулярной азербайджанской армии под единой командной системой. Посещение прифронтовых военных частей Верховным Главнокомандующим поднимало боевой дух военных, что дало настоящие плоды. Вскоре, в начале 1994 года, азербайджанская армия осуществила успешную военную операцию в Горадизском направлении Физулинского района против врага. 12 мая 1994 года было объявлено о режиме прекращении огня, который создал возможность стабильного формирования азербайджанской армии на регулярной основе.
Согласно распоряжению общенационального лидера Гейдара Алиева от 22 мая 1998 года 26 июня отмечается как День Вооруженных сил.
Процесс строительства армии в независимом Азербайджане вступил в совершенно новый этап при президенте Ильхаме Алиеве. Благодаря поддержке и заботе Верховного Главнокомандующего Вооруженных Сил Ильхама Алиева, который успешно продолжает политику великого лидера в деле армейского строительства, Армия Азербайджана в настоящее время обладает прочной материально-технической базой и обеспечивается самыми современными видами вооружения. Именно усилиями Президента Ильхама Алиева в настоящее время Азербайджанская Армия является одной из сильнейших в регионе. Неслучайно Армия Азербайджана, согласно авторитетному рейтингу военной мощи Global Firepower Index, составленного на основании анализа 55 показателей, является лидером Южно-Кавказского региона и входит в число 50 лучших в мире (2021).
Распоряжением Президента Ильхама Алиева также был создан военно-промышленный комплекс. В Азербайджане производится продукция военного назначения более тысячи наименований. На ведущих международных выставках мира демонстрируются продукции военного назначения Азербайджана.
Военная мощь Азербайджанской Армии была продемонстрирована 26 июня 2011 года в Баку на военном параде с участием Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами, Президента Ильхама Алиева по случаю Дня Вооруженных Сил и 20-летия восстановления независимости.
Наша доблестная Армия еще раз доказала свою силу в апреле 2016 года. 2 апреля в ответ на вражеские провокации азербайджанская армия перешла в молниеносное контрнаступление и нанесла противнику тяжелое поражение, освободив более 2000 га оккупированных территорий Физулинского, Джебраильского и Агдеринского районов. Еще тысячи гектаров перешли под полный контроль азербайджанской армии, сумевшей подарить нашему народу радость победы.
Очередной успех азербайджанской армии был достигнут спустя два года после апрельских боев — в мае 2018 года с победой в Гюннуте. В результате этой успешной операции были освобождены от врага более 11 тысяч га территории Нахчыванской Автономной Республики и село Гюннут Шарурского района, а выгодные позиции вдоль государственной границы перешли под контроль азербайджанской армии. Таким образом, операцией по продвижению передовой линии обороны Отдельной общевойсковой армии на выгодные позиции вдоль государственной границы была достигнута поставленная цель.
Отважная Армия Азербайджана, начавшая в июле 2020 года контрнаступательную операцию в ответ на вражеские провокации на товузском направлении, вскоре подарила народу радость самой славной Победы в своей истории. Великая Победа, одержанная в начавшейся 27 сентября 2020 года Отечественной Войне под руководством Победоносного Верховного Главнокомандующего, Президента Ильхама Алиева оставила важный след не только в истории Азербайджана, но и в мировой военной истории. Всегда готовая к приказу об освобождении земель Армия Азербайджана по приказу Победоносного Верховного Главнокомандующего, Президента о пресечении провокаций врага начала контрнаступательную операцию — Отечественную войну. Азербайджанская Армия, не отступавшая ни на шаг, нанесла врагу сокрушительное поражение и за 44 дня — до 9 ноября освободила от оккупации 5 городов, 4 поселка и около 300 сел. Война завершилась подписанием Президентом Азербайджана, премьер-министром Армении и Президентом России заявления о полном прекращении огня и всех военных операций в зоне конфликта. В соответствии с заявлением 20 ноября — Агдамский район, 25 ноября — Кельбаджарский район, 1 декабря — Лачинский район были возвращены Азербайджану.
В честь Славной Победы 10 декабря 2020 года в Баку состоялся грандиозный Парад Победы, на котором присутствовали Президент Азербайджана Ильхам Алиев и Президент Турции Реджеп Тайип Эрдоган. Наряду с современной техникой Вооруженных Сил Азербайджанской Республики на параде также была продемонстрирована военная техника, захваченная в ходе боевых действий в качестве трофея у врага, разгромленного азербайджанской армией.
В Парке военных трофеев, созданном в Баку в целях пропаганды Великой Победы в Славной Отечественной войне, представлены оружие, военная техника и боевые знамена, захваченные у врага, отражающие невероятные успехи азербайджанской армии над врагом.
В настоящее время Азербайджанское государство, используя себе во благо новые геостратегические и геополитические преимущества, которые были созданы им же на данном регионе, успешно продолжает международное военное сотрудничество в национальных и государственных интересах. Военные аналитические центры мира анализируют победу ВС Азербайджана в 44-дневной войне, оборонные ведомства многих стран изучают боевой опыт нашей армии в войне, извлекают пользу из военной тактики.
Азербайджан, расположенный в зоне пересечения интересов различных стран и в таком сложном геополитическом регионе, как Южный Кавказ, строит международные военные отношения с военными организациями зарубежных стран и международными организациями в рамках взаимных интересов. Международное военное сотрудничество осуществляется Министерством Обороны в тесном сотрудничестве с Министерством иностранных дел и другими соответствующими государственными органами власти, учреждениями, организациями и предприятиями на основе Военной доктрины и «Концепции международного военного сотрудничества Министерства обороны Азербайджанской Республики».
Цели и задачи международного военного сотрудничества определяются национальными интересами, оборонной и внешней политикой Азербайджанской Республики.
Одностороннее, двустороннее и многостороннее сотрудничество с зарубежными странами, евроатлантическими структурами, международными организациями и военно-промышленными комплексами ведущих государств являются основными направления осуществления международного военного сотрудничества. Азербайджан сотрудничает как с соседними Турцией, Грузией, Россией, так и с Украиной, Беларусью, США, Великобританией, Пакистаном, Израилем и другими зарубежными странами в военной, военно-политической и военно-технической сферах.
Сотрудничество с Турцией, Россией, Пакистаном, Израилем и блоком НАТО занимает особое место в международных военных отношениях нашей страны.
Важнейшим военным партнером Азербайджана является братская Турецкая Республика. Совместные военные учения, способствующие развитию военного сотрудничества, в том числе в области оборонной промышленности, обмен опытом между вооруженными силами направлен не только на укрепление азербайджанской армии, но и на обеспечение мира и безопасности в регионе.
Подписанное 15 сентября 2010 года Соглашение о стратегическом партнерстве и взаимопомощи между Азербайджанской Республикой и Турецкой Республикой заложило основу для нового этапа в развитии азербайджано-турецких военных отношений. Этим соглашением был создан Совет стратегического сотрудничества высокого уровня Азербайджан-Турция.
Статья 2 договора гласит, что если одна из сторон подвергнется вооруженной атаке или агрессии со стороны третьего государства, или группы государств, то стороны, окажут взаимную помощь с использованием всех возможностей, включая использование военной силы и мощи для осуществления права на индивидуальную или коллективную самооборону, признанного статьей 51 Устава ООН. Фактически этот документ можно рассматривать как соглашение о военном союзе двух братских стран.
В официальных встречах и выступлениях Президент Азербайджана Ильхам Алиев подчеркнул важность дальнейшего углубления интеграции вооруженных сил двух братских стран для безопасности и стабильности в регионе, что выражает перспективы военного сотрудничества между Азербайджаном и Турцией.
Исторический визит Президента Азербайджана Ильхама Алиева и Президента Турции Реджепа Тайипа Эрдогана в Шушу 15 июня 2021 года и подписанная здесь Шушинская декларация имеют важное значение с точки зрения дальнейшего наращивания военной мощи Азербайджана. В Шушинской декларации подчеркивается важность военного присутствия Турции для обеспечения стратегического баланса сил и безопасности на Южном Кавказе. Согласно Шушинской декларации, доведение военных отношений от сотрудничества до уровня союзничества, определение политических и правовых механизмов союзнических отношений, проведение совместных заседаний совета безопасности сторон являются новыми приоритетными направлениями военного сотрудничества Азербайджана и Турции.
Совместное планирование деятельности вооруженных сил двух стран, взаимодействие в проведении операций и реализованные многочисленные учения также являются важными направлениями сотрудничества и единства.
В сфере оборонной промышленности также существуют прочные связи, которые являются одним из основных направлений военного сотрудничества между Азербайджаном и Турцией. Говоря о сотрудничестве в сфере оборонной промышленности, необходимо подчеркнуть значение беспилотных летательных аппаратов турецкого производства «Bayraktar» промышленности в победе Азербайджанской Армии в ходе Второй карабахской войны. Создание совместного производства в перспективных отраслях, в частности, в сфере оборонной промышленности, занимает важное место в двустороннем сотрудничестве.
Азербайджан также вносит свой вклад в установление международного мира и безопасности в рамках сотрудничества с НАТО. В этом направлении следует особо отметить профессионализм азербайджанских военнослужащих в миротворческих миссиях. Миротворческий контингент Азербайджанской Армии участвует в миротворческих операциях с 1999 года.
НАТО углубляет свои отношения с Азербайджаном в рамках программы «Партнерство во имя мира». Ежегодно в рамках этой программы офицеры Вооруженных Сил Азербайджана принимают участие до 500 учениях и семинарах. В настоящее время при Учебно-тренировочном центре Министерства обороны действует центр «Партнерство во имя мира». Следует также отметить, что начиная с 2003 года НАТО участвует в финансировании Летней школы в Баку. Год от года программы расширялись, и, в результате, в 2005 году была создана Международная школа НАТО в Азербайджане.
Азербайджан, реализующий Оперативный план по индивидуальному партнерству с НАТО и Процесс планирования и анализа, также имеет тесные связи с Россией в военной сфере. Россия занимает одно из ведущих мест среди стран, у которых Азербайджан закупает военно-техническую продукцию. После победы Армии Азербайджана во Второй карабахской войне размещение российских миротворцев в Карабахе с целью установления безопасности и стабильности на Южном Кавказе ознаменовало новый этап в военно-политических отношениях между двумя странами.
Одним из важных партнеров Азербайджана в военной сфере и внешней политике является Исламская Республика Пакистан. Пакистан постоянно поддерживает позицию нашей страны на международной арене и открыто заявляет, что всегда с Азербайджаном. «План двустороннего военого сотрудничества» между Министерством обороны Азербайджанской Республики и Объединенным штабом Исламской Республикой Пакистан создает эффект военного союзничества двух стран.
Динамично развивающееся в последние годы военное сотрудничество с государством Израиль занимает важное место в международной военной стратегии Азербайджана. Азербайджан закупает у израильских оборонных компаний современные беспилотные летательные аппараты, радары, ракетные комплексы и оборудования береговой охраны.
В настоящее время Азербайджанская Республика рассматривает развитие военной инфраструктуры в соответствии с международными стандартами как необходимое условие укрепления военного потенциала и уделяет внимание двустороннему, трехстороннему и многостороннему военному сотрудничеству с ведущими странами и международными военными организациями.