После февральских событий 1988 года сепаратистско-террористические группировки Нагорно-Карабахской области и вооруженные силы Армении начали военные действия с целью захвата Нагорного Карабаха. 
К ним присоединились части вооруженных сил СССР, находящиеся в Армении и Нагорно-Карабахской автономной области. Таким образом, после распада СССР вновь повторилась ситуация, похожая на историческую ситуацию, сложившуюся в результате свержения царского правительства в феврале 1917 года. Офицеры, служившие в рядах советской армии, и бывшие советские военные части объединились против азербайджанцев и начали военные действия единым фронтом (как было в марте 1918 года в геноциде против азербайджанского народа). Сначала были захвачены населенные пункты азербайджанцев в Нагорном Карабахе. 15 января 1992 года была захвачена деревня Керкиджахан, 10 февраля - деревни Малыбейли, Гушчулар, началась расправа над мирным и невооруженным населением, сузилось кольцо окружения Ходжалы и Шуши. Операция добровольцев Дашалты оказалась безуспешной. В середине февраля армянские и советские военные группировки захватили селение Гарадаглы. В ночь с 25 на 26 февраля произошло самое страшное событие современной истории. Армянские военные группировки совершили жестокий геноцид против азербайджанцев в Ходжалы. Это самый страшный и массовый, после фашизма во второй мировой войне, геноцид армянских сепартистов-террористов и армянских военных сил против человечества. Защита азербайджанским руководством в войне, направленной против территориальной целостности Азербайджана и его народа, интересов Москвы, а не собственного народа лишила его авторитета. В условиях усиления народного движения в марте 1992 года А.Муталибов, руководивший республикой, подал в отставку.
Создавшаяся пустота во власти еще более ослабила обороноспособность Азербайджанской Республики. В результате в мае 1992 года армянские военные объединения захватили и Шушу. Таким образом, армяне фактически оккупировали территорию всего Нагорного Карабаха. Следующим шагом стала оккупация Лачина — района, соединяющего Армению с Нагорным Карабахом. Воспользовавшись усилением споров вокруг власти в Баку, армяне захватили и Лачин. Борьба за власть, продолжавшаяся и во времена правления Народного Фронта Азербайджана, нанесла тяжелый удар по защите республики. В апреле 1993 года был оккупирован Кельбаджар. В июне в Азербайджане налицо оказался глубокий политический кризис. По требованию народа Г.Алиев пришел к власти. Продолжая войну против Азербайджана, в течение июля-октября 1993 года армяне захватили Агдам, Физули, Джабраил, Губадлы и Зангилан.
Армяне перешли к тактике «разорения» оккупированных земель. На войне погибло 20 тыс., ранено 100 тыс. азербайджанцев, 50 тыс. человек стали инвалидами. Количество беженцев свыше миллиона человек. По официальным данным, армяне взяли в плен 4852 азербайджанца, в том числе 323 женщины, 54 ребенка и 410 пожилых людей. Армянские фашисты скрывали от международных гуманитарных организаций истинное число пленников и заложников, бесчеловечно и беспощадно обращались с ними, унижали их, заставляя трудиться как рабов.
Организация Объединенных Наций (ООН) подтвердила ведение несправедливой войны против Азербайджана, нарушение его территориальной целостности и оккупацию азербайджанских земель со стороны армян.
Совет Безопасности ООН принял четыре постановления (№ 822, 853, 874, 884) об освобождении армянскими вооруженными силами оккупированных азербайджанских территорий. Но армянские оккупанты этих постановлений не выполнили.
В борьбе против армянских захватчиков Азербайджан нуждался в мобилизации военно-экономических и человеческих сил. С этой целью 2 ноября Г.Алиев посредством телевидения и радио обратился к народу, были приняты серьезные военно-организационные меры. В результате удалось создать перелом в справедливой борьбе азербайджанского народа против захватчиков. Нашествие армянских вооруженных сил в середине ноября в направлении Бейлагана было остановлено. В результате успешных операций азербайджанской армии, 5 января 1994 года важный в стратегическом плане поселок Горадиз и 22 деревни в Физулинском районе были освобождены от врагов. Затем была освобождена часть территории Джабраильского района и следующие населенные пункты Кельбаджарского района: Бозлу, Текегайа, Бабашлар, Ганлыкянд, Чепли, Гасымбинеси, Яншагбине, Багырсаг, Гамышлы, Багырлы. Были захвачены гора Чичекли и другие стратегические высоты, часть магистрали Кельбаджар-Лачин до туннеля взята под наблюдение. Во время боев враги потеряли 4 тыс. солдат и офицеров, 50 броненосной техники, 15 артиллерийских сооружений и т.д. Успех азербайджанцев в деле создания на войне перелома, освобождения оккупированных земель, серьезно встревожил не только Армению, но и ее защитников. Усиление Армении ее покровителями в военном отношении, обеспечение ее современным оружием, способствовали возрастанию в регионе реакционных сил. В таких условиях 8 мая 1994 года Азербайджанская Республика подписала Бишкекский протокол. Благодаря военным успехам Азербайджана над врагом, 12 мая было достигнуто прекращение огня на фронте.
Институт Истории им. А.Бакиханова НАНА