1988-ci il fevral hadisələrindən sonra Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin separatçı-terrorçu qruplaşmaları və Ermənistan silahlı qüvvələri Dağlıq Qarabağın ələ keçirilməsi uğrunda hərbi əməliyyatlara başladılar. SSRİ Silahlı Qüvvələrinin Ermənistan və 
Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətində yerləşən hissələri də onlara qoşuldular. Bununla da 1917-ci ilin fevralında çar hökumətinin yıxılması nəticəsində meydana gələn tarixi şəraitə bənzər vəziyyət SSRİ-nin dağılmasından sonra yenidən təkrar olundu. Sovet ordusu sıralarında qulluq edən erməni zabitləri və keçmiş sovet hərbi hissələri azərbaycanlılara qarşı birləşdilər və vahid cəbhədə hərbi əməliyyata başladılar (Azərbaycan xalqına qarşı 1918-ci ilin Mart soyqırımında olduğu kimi!). Əvvəlcə Dağlıq Qarabağın azərbaycanlı yaşayış məskənlərinin işğalına başlandı. 1992-ci il yanvarın 15-də Kərkicahan, fevralın 10-da Malıbəyli, Quşçular kəndləri işğal olundu, dinc və silahsız əhaliyə divan tutuldu, Xocalı və Şuşanın mühasirə məngənəsi daraldı. Tələm-tələsik formalaşdırılmış Azərbaycan könüllülərinin Daşaltı əməliyyatı uğursuz oldu. Erməni və sovet hərbi birləşmələri fevralın ortalarında Qaradağlı kəndini ələ keçirdilər. 1992-ci il fevralın 25-dən 26-na keçən gecə müasir tarixin ən faciəli hadisəsi baş verdi. Erməni hərbi birləşmələri Xocalıda azərbaycanlılara qarşı dəhşətli soyqırımı törətdi. Bu İkinci Dünya müharibəsində faşizmin törətdiyi dəhşətli qırğınlardan sonra müasir dövrdə erməni separatçı-terrorçuları ilə birlikdə Ermənistan hərbi qüvvələrinin insanlığa qarşı törətdiyi ən kütləvi və ən dəhşətli soyqırımıdır. Azərbaycanın ərazi bütövlüyünə və onun xalqına qarşı çevrilmiş bu müharibədə Azərbaycan rəhbərliyinin öz xalqının deyil, Moskvanın mövqeyini müdafiə etməsi onu nüfuzdan saldı. Xalq hərəkatının daha da gücləndiyi şəraitdə 1992-ci ilin martında respublikaya rəhbərlik edən A.Mütəllibov istefa verdi. Yaranmış hakimiyyət boşluğu Azərbaycan Respublikasının müdafiə qabiliyyətini daha da zəiflətdi.
1992-ci ilin mayında erməni hərbi birləşmələri Şuşanı da ələ keçirdilər. Bununla da faktiki olaraq ermənilər bütün Dağlıq Qarabağın ərazisini işğal etdilər. Növbəti addım Dağlıq Qarabağı Ermənistanla birləşdirən Laçın rayonunun işğalı oldu. Bakıda hakimiyyət uğrunda çəkişmələrin kəskinləşməsindən istifadə edən ermənilər Laçını da tutdular. Azərbaycan Xalq cəbhəsinin hakimiyyəti (1992 may-1993 iyun) dövründə davam edən yeni hakimiyyət çəkişmələri respublikanın müdafiəsinə ağır zərbə vurdu. 1993-cü ilin aprelində Kəlbəcər işğal olundu. İyun ayında Azərbaycanda dərin siyasi böhran baş verdi. Xalqın tələbi ilə Heydər Əliyev hakimiyyətə gəldi. Ermənistan Azərbaycana qarşı müharibəni davam etdirərək 1993-cü ilin iyul-oktyabr ayları arasında Ağdam, Füzuli, Cəbrayıl, Qubadlı və Zəngilan rayonlarını işğal etdi.
Ermənilər işğal etdikləri torpaqları "viran qoymaq" taktikasına əl atmışdılar. Müharibədə 20 min azərbaycanlı şəhid olmuş, 100 min nəfər yaralanmış, 50 min nəfər əlil olmuşdu. Qaçqın və köçkünlərin sayı milyonu keçmişdi. Rəsmi məlumata görə, erməni işğalçıları tərəfindən 4852 nəfər azərbaycanlı, o cümlədən 323 qadın, 54 uşaq və 410 qoca əsir və girov götürülmüşdü. Erməni faşistləri əsir və girovların həqiqi sayını beynəlxalq humanitar təşkilatlardan gizlədir, onlarla qeyri-insani, amansız rəftar edir, qul kimi işlədir, təhqir edir, alçaldırdılar.
Azərbaycana qarşı ədalətsiz müharibə aparıldığını, onun ərazi bütövlüyünün pozulduğunu və torpaqlarının ermənilər tərəfindən işğal olunduğunu Birləşmiş Millətlər təşkilatı (BMT) təsdiq etdi. BMT Təhlükəsizlik Şurası erməni silahlı qüvvələrinin işğal
olunmuş Azərbaycan ərazilərini tərk etməsi haqqında 4 qətnamə (822, 853, 874, 884 saylı) qəbul etdi. Lakin erməni işğalçıları bu qətnamələri yerinə yetirmədilər.
Ermənistan işğalçılarına qarşı mübarizədə Azərbaycanın hərbi-iqtisadi və insan qüvvələrinin səfərbər edilməsinə böyük ehtiyac var idi. Bu məqsədlə Heydər Əliyev noyabrın 2-də televiziya və radio ilə xalqa müraciət etdi, ciddi hərbi-təşkilati tədbirlər həyata keçirildi. Bunun nəticəsində Azərbaycan xalqının işğalçılara qarşı ədalətli mübarizəsində dönüş yaratmaq mümkün oldu. Noyabrın ortalarında Ermənistan silahlı qüvvələrinin Beyləqan istiqamətində hücumu dayandırıldı. Azərbaycan ordusunun müvəffəqiyyətli əməliyyatları nəticəsində 1994-cü il yanvarın 5-də Füzuli rayonunda strateji əhəmiyyətli Horadiz qəsəbəsi və 22 kənd düşməndən təmizləndi. Bunun ardınca Cəbrayıl rayonu ərazisinin bir hissəsi, Kəlbəcər rayonunda Bozlu, Təkəqaya, Babaşlar, Qanlıkənd, Çəpli, Susuzluq, Qasımbinəsi, Yanşaqbinə, Yanşaq, Bağırsaq, Qamışlı, Bağırlı yaşayış məntəqələri də düşməndən azad edildi. Çiçəkli dağı və b. strateji yüksəkliklər ələ keçirildi, Kəlbəcər-Laçın yolunun tunelə qədərki hissəsi nəzarət altına alındı. Döyüşlərdə düşmən 4 min əsgər və zabit, 50 zirehli texnika, 15 artilleriya qurğusu və s. itirdi. Azərbaycanın müharibədə dönüş yaratmaq, işğal olunmuş Vətən torpaqlarını azad etmək sahəsində əldə etdiyi uğurlar, nəinki Ermənistanı, həmçinin onu müdafiə edən qüvvələri də ciddi təşvişə saldı. Azərbaycan Respublikası belə bir şəraitdə 1994-cü il mayın 8-də Bişkek protokolunu imzaladı. Azərbaycanın düşmən üzərində hərbi uğurları sayəsində mayın 12-də cəbhədə atəşkəsə nail olundu.
AMEA-nın A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutu